除此之外，还有以下一些原因：一是企业自主创新能力不足。据了解，山东省开展育种科研的种业企业不足30％，年均研发投入占销售收入的比重不足3％，远低于大型跨国种业企业的研发投入比例，且育种方法、技术和设施设备比较落后，总体上看，大企业不大不强，综合竞争力、引领带动力不突出。小企业不专不精，专业程度不够，产业链服务能力弱。
山东、宁夏一些受访的专家分析，大部分种子企业没有自主研发能力，育种能力较国外先进企业差距很大，市场侵权、套牌、仿制现象严重，一些科技含量较高的种子企业很难脱颖而出。
山东永盛农业发展有限公司经理梁增文说，公司自主研发的“永盛先锋”芸豆品种在豆类主产区山东、河北、江苏、上海、云南等地占到了同类市场的6成以上，但也会经常遇到别的公司模仿、扩繁，在市场上以次充好。好在公司储备比较多，原种保留也有措施。
二是科研与生产脱节。种业专家表示，国内育种研发与实际应用有较大差距，育成品种同质性多，突破性少，现有技术成果转化率低，缺少研究成果转化应用的机制和平台，高效的现代商业化育种体系尚未形成。
寿光市南澳绿亨农业有限公司经理赵涛说，国外不少种业公司都有上百年的积累和沉淀，从最简单例子讲，人家经历的病虫害都比我们多，病害来的时候都有储备。我们和国外公司的差距可能有二三十年。
三是基础设施和装备落后。国内大多数区域试验站、展示示范点、良种繁育基地、种子质检站等基础设施差，仪器设备落后，抗风险能力弱，远不能适应种子质量检测、品种试验展示和供种保障要求。