图书馆及图书馆学自西方传入，当时知晓与研究者甚少，在中国尚未普及这类知识，而穆氏讲授的内容多有可取之处，在四川图书馆界起到发凡起例，一代宗师的作用。
图书馆实践方面，应成都通俗教育馆馆长吴作孚之请，他曾筹办成都通俗图书馆于少城公园，创办草堂图书馆和四川女子图书馆。他办图书馆不仅提供一般的借阅服务，还开设儿童阅览室，巡回图书展，吸引和扩大来图书馆阅读人员，每天来图书馆阅读人员达到二千余人(当时成都人口约三十万人)。
他办女子图书馆，提供女性阅读用书，如烹调、家政、育儿方面的书刊。他倡行设立更多的图书馆，发起一场“图书馆运动”。他认为办图书馆关系到“人民知识”、“国家文化”、社会“进步之希望”，“今日尤应举行者，即图书馆运动是已。”时至今日，这些思想观念仍不过时。
穆耀枢在四川的图书馆活动，却以令人匪夷所思的悲剧结束。他因组织女子读书会时与一军阀姨太相恋，军阀发现后设计在成都春熙路一咖啡馆内将其捕获，诬其征集办图书馆募捐是“以办图书馆之名聚财贪污”，还“倡导邪说，引诱男女青年”而“有伤风化”，遂由邓锡侯部周绍芝旅派队一连，绑缚至春熙路中山纪念碑侧处决。这又反映了那个时代政治的黑暗。惟其如此，他为之奋斗的图书馆事业，如今更加引人注目。
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