（一）企业自主创新能力不强。多数企业缺乏关键共性技术的顶层设计和规划，部分企业在转型发展中的产业层次较低，研发创新的大项目、好项目较少，成果转化和科技创新的实际成效不突出。缺乏自主创新能力的企业无法真正成为协同创新的主体，可能导致产学研项目半途而废，更有甚者还会偏离自身可持续发展的道路，出现研发力量后继不足的问题。
（二）区域创新人才稀缺。由于区位优势较弱，人才引进相关政策同其它一、二线城市相比吸引力不强，加之劳动力成本的上升和当地生活压力（特别是购房压力）的增大，造成多数企业科研创新型人才短缺，现有人才流失严重；科研机构人员中高学历人员较少，高层次人才特别是海外创新创业人才数量少，直接影响到企业科研平台的创新能力和支撑能力。如何引进人才、培养人才和留住人才已经成为企业的共同难题。
（三）政府部门间缺乏联动沟通机制。在服务企业创新和区域协同创新平台搭建过程中，区级相关部门联动不够，科技、经济、发改、产业园区、群团组织、相关乡镇（街道）等部门缺乏联动机制，无法实现及时的、充分的信息共享，导致信息和问题掌握不平衡，存在明显的服务“死角”。
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